Bereits seit dem 16. Jahrhundert gehörte der Ort zum Herzogtum Sachsen-Weimar und seit etwa 1640 zum Herzogtum Sachsen-Coburg und Gotha. Die sich im Ort befindende Kirche Sankt Nicolai wurde in der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts erbaut. Nach der Auflösung des Herzogtums Sachsen-Coburg und Gotha wurde Kornhochheim dem Landkreis Gotha zugeteilt.
Mit der Gebietsreform in der DDR wurde Kornhochheim 1952 ein Teil des neugebildeten Kreises Erfurt-Land. 1974 wurde der Ort dann als Ortsteil in die Gemeinde Neudietendorf eingemeindet. Im Zuge der Kreis- und Gebietsreform 1994 kam Kornhochheim gemeinsam mit Neudietendorf wieder zum Landkreis Gotha.
Ab 2019 ist Kornhochheim wieder eigenständiger Ortsteil mit Ortschaftsverfassung der Gemeinde Nesse-Apfelstädt.
Seit Beginn der neunziger Jahre wurden entlang der Landstraße 1044 in Kornhochheim ein modernes Gewerbegebiet und zwei Wohngebiete gebaut.
